現階段對木質纖維素原料的預處理方式有物理法、物理化學法、化學法及生物法，各方式分別有優缺點，可同時選擇各種方式，即組合法。
物理方式：機械粉碎根據剪切或研磨減少原料顆粒大小，提升反應的面積，同時在一定層度上破壞植物纖維的高級構造，將結晶態纖維素轉化成無定形態，使全部大分子結構松散，更易反應。纖維素分解特性與研磨時間和粉碎度同時相關，粒徑越小，越易于反應，但需具備的能量也越多，因而存有最好粉碎尺寸。
此法存在的不足而言根據物理粉碎引起的無定形態十分不平穩，易于重新結晶化，使運用受限制。高能輻射、超聲波、微波處理法是根據能量的功能引起物理化學效用，破壞分子間氫鍵和結晶態構造，減低聚合度，提升酶解速率。
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